Stosowanie oprogramowania z otwartym kodem źródłowym zwiększa niezawodność i bezpieczeństwo systemów informatycznych; Użytkownik może samodzielnie lub przy pomocy firm trzecich zweryfikować jak dokładnie pracuje program OSS. Bez ryzyka może zdecydować o zastosowaniu tego oprogramowania w krytycznych obszarach swojej działalności.
Cechy tej nie mają programy z niedostępnym kodem źródłowym – tu zdarzają się przypadki niejawnego instalowania modułów wykradających dane użytkownika, szpiegujących jego pracę lub pozwalających nieupoważnionym osobom wykorzystywać zasoby systemu „ofiary”.
Niezawodność i bezpieczeństwo według danych publikowanych na witrynie internetowej www.secunia.com, której twórcy uchodzą za światowych ekspertów w kwestii monitorowania bezpieczeństwa oprogramowania, w najnowszym systemie operacyjnym firmy Microsoft – Windowsie Vista – aż 14 proc. wykrytych luk w zabezpieczeniach nie zostało do tej pory usuniętych – dla porównania najnowsza wersja opensourcowego systemu operacyjnego Linux –Ubuntu – nie posiada żadnych nieusuniętych dziur;
Praktyka pokazuje, że systemy o otwartym kodzie zdecydowanie przewyższają bezpieczeństwem systemy o kodzie zamkniętym. Dowodzą tego zarówno opinie ekspertów, jak i statystyki czy raporty bezpieczeństwa opracowywane przez niezależnych testerów. Zasadnicze znaczenie dla bezpieczeństwa rozwiązań opartych na oprogramowaniu o kodzie otwartym ma szybkość naprawiania luk i krytycznych błędów. Społeczności programistów rozwijających te produkty dostarczają uaktualnienia i poprawki w czasie niespotykanym w przypadku rozwiązań komercyjnych, niejednokrotnie nawet w tym samym dniu, w którym zgłoszony został błąd.
Dlatego na przykład we Francji zarządzono odgórnie, że komputery administracji publicznej mogą pracować tylko pod kontrolą oprogramowania typu Open Source. Dzięki temu poważnie zmniejszyło się ryzyko wycieku poufnych materiałów z francuskich urzędów. W naszym kraju tymczasem wprowadza się nowe rozwiązania informatyczne, a jednocześnie nie zachowuje się choćby pozorów bezpieczeństwa oraz nie dba się o publikację, opracowanych w końcu za publiczne pieniądze, standardów.
Źródła systemu GNU/Linux są uważane za najlepiej przeanalizowany kod jaki do tej pory powstał. Oznacza to, że jest on najwyższej jakości i zawiera bardzo małą ilość potencjalnych błędów.
O bezpieczeństwo troszczą się zarówno programiści-pasjonaci z całego świata jak również firmy takie jak Red Hat czy Novell, które świadczą usługi z zakresu wsparcia użytkownika końcowego. Bezdyskusyjnie bezpieczeństwo jest ogromnym atutem systemów operacyjnych z rodziny Open Source i znacznie przewyższa poziom bezpieczeństwa systemów dostarczanych bez prawa dostępu do kodu źródłowego.